Фамилия Хунджуа стоит особняком в русском ономастиконе — её выдают и необычный корень, и редкий для славянских языков суффикс. Сразу слышно, что перед нами не исконно русская фамилия, а пришедшая с Кавказа. Её основа восходит к грузинскому слову «хунджули» (ხუნჯული) — так называют кислый сорт винограда или дикую яблоню. В грузинских говорах «хунджуа» могло быть прозвищем человека, который занимался разведением таких сортов, торговал ими или просто жил в местности, где эта культура была распространена.

Суффикс -а в грузинских фамилиях (как в Гамсахурдиа, Шенгелая) указывает на принадлежность к роду или местности. То есть Хунджуа буквально означает «из рода Хунджули» или «относящийся к хунджули». В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, здесь нет суффикса владения — это типичная западно-грузинская (мегрельская) модель, где фамилия часто заканчивается на -иа или -а.

Географически фамилия Хунджуа распространена в основном в Грузии и среди грузинской диаспоры. В России она встречается редко, чаще всего у потомков выходцев из Западной Грузии (Самегрело). В XIX — начале XX века носители фамилии могли быть крестьянами-виноградарями или мелкими торговцами на рынках Кутаиси и Сухуми.

Есть и другая, менее вероятная версия: что корень восходит к турецкому «huncu» (ханжа, лицемер) — но для грузинской ономастики это нетипично, и большинство специалистов склоняются к «виноградной» этимологии. В любом случае, фамилия Хунджуа — яркий маркер кавказского происхождения, и её носитель почти наверняка имеет грузинские корни.