Фамилия Хундюкова — женская форма фамилии Хундюков, которая образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Хундюк. Слово это тёмное, редкое, и его разбор — главная трудность и главный интерес для этимолога.

В русских говорах и в ономастике намного чаще встречаются фамилии от основ «худ-» (худой, тощий) и «хунд-» (возможно, диалектное искажение того же корня). Однако версия о том, что Хундюк — это вариант прозвища Худяк (от «худой» в значении «бедный, небогатый» или «тощий»), выглядит правдоподобно. Фонетический переход «д» в «т» и обратные замены в диалектах нередки, но здесь мы видим скорее оглушение: Худюк → Хутюк → Хундюк. Вставка носового звука «н» перед «д» — тоже типичное для народной речи явление (сравните: «пондравиться» вместо «понравиться»).

Вторая версия, более экзотическая, связывает фамилию с тюркскими языками, где «хун» или «кун» могло означать «день» или «солнце», а суффикс -дюк указывал на принадлежность. Но эта гипотеза слаба: для южнорусских и казачьих фамилий такие заимствования возможны, однако фамилия Хундюкова не имеет устойчивой географической привязки к регионам активных тюркских контактов. К тому же суффикс -юк в русских фамилиях чаще украинского или белорусского происхождения (как в фамилиях Костюк, Павлюк), что указывает на западнорусские или малороссийские корни прозвища.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носительницы фамилии получил прозвище Хундюк (Худюк) за худощавое телосложение или небогатое хозяйство. Фамилия фиксируется в документах с XIX века, преимущественно в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях — как раз на стыке великорусского и малороссийского диалектных массивов, где подобные фонетические изменения были нормой.