Фамилия Хундякова — женская форма от Хундяков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Хундяк. В основе почти наверняка лежит диалектное слово «хунды» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли лохмотья, ветхую одежду, тряпьё. Человек, которого прозвали Хундяком, мог ходить в рваной одежде, быть неопрятным или, напротив, заниматься сбором и продажей старья — профессия тряпичника в XIX веке была обычным делом.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев добавлялся к основе, оканчивающейся на согласный. Хундяк → Хундяков. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Хундя́ков. Встречается и вариант Ху́ндяков, но он менее логичен с точки зрения живого произношения прозвища.

Интересная деталь: фамилия редкая и имеет чёткую географическую привязку. Подавляющее большинство носителей Хундяковых в дореволюционных источниках — крестьяне и мещане из Вятской губернии (современные Кировская область и Удмуртия). Вятка была регионом, где активно бытовала диалектная лексика, и слово «хунды» там фиксируется. Это позволяет с высокой вероятностью утверждать, что фамилия возникла именно в вятском ареале, а не принесена откуда-то ещё.

Версия о связи с тюркским «хун» (солнце, день) или монгольским «хун» (человек) маловероятна: во-первых, суффикс -як нехарактерен для тюркских заимствований в русских фамилиях, во-вторых, в Вятке не было значительного тюркского субстрата. Так что прозвище по внешнему виду или роду занятий — самое надёжное объяснение.