Фамилия Хупченко звучит на слух как типичная украинская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины или южных регионов России. Такая модель образования — от прозвища или имени предка с добавлением патронимического суффикса — была особенно распространена в XVII–XIX веках среди казачества и крестьянства. Хупченко буквально означает «сын Хупка» или «потомок Хупка».

Сложность возникает с корнем — «Хуп-». В русском и украинском языках нет распространённого слова с таким звучанием. Вероятнее всего, перед нами производное от прозвища, которое, в свою очередь, восходит к диалектному или заимствованному слову. Можно предположить, что «Хупко» — это уменьшительно-ласкательная форма от имени или прозвища, связанного с глаголом «хупать» (в некоторых говорах — «хватать», «ловить»). В таком случае прозвище мог получить человек хваткий, ловкий или, напротив, назойливый. Другая версия — связь с тюркскими корнями: в языках тюркской группы «хуб» (или «хуп») означает «хороший», «добрый». Через контакты с кочевыми народами это слово могло войти в украинскую речь как прозвище для приветливого или удачливого человека.

Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Hupp (Хупп), которая встречается среди колонистов, переселявшихся на юг Российской империи в XVIII–XIX веках. В таком случае Хупченко — это украинизированный вариант: немецкую основу адаптировали под местную модель, добавив суффиксацию. Однако эта гипотеза остаётся спорной, так как массовых свидетельств такого перехода для этой фамилии нет.

Географически фамилия Хупченко сегодня нечастотна. Встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда активно переселялись украинцы. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянского или казачьего сословия: патронимическая модель на -енко редко встречалась у дворянства, которое предпочитало фамилии на -ов и -ский. Таким образом, предки современного Хупченко — простые люди, получившие прозвище от окружающих, и это прозвище со временем закрепилось как родовое имя.