Фамилия Хупениа — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение: это грузинская фамилия. Её выдает характерный суффикс -иа, который в грузинской ономастике выполняет ту же роль, что и русские -ов или -ин, — указывает на принадлежность к роду. В западной Грузии (регионы Мегрелия, Гурия, Имеретия) фамилии на -иа особенно распространены, и Хупениа, скорее всего, родом оттуда.

Основа фамилии — «хупени». Сразу бросается в глаза, что это не очевидное грузинское слово. Скорее всего, перед нами топонимическая фамилия: предок получил её по названию места, где жил, — села, усадьбы или местности. В Грузии есть несколько мелких топонимов с корнем «хуп-», например, село Хупе (Хупі) в исторической области Сванетия. В таком случае Хупениа означает «из Хупе» или «принадлежащий к Хупе».

Менее вероятна, но возможна и версия от личного имени или прозвища. В грузинском языке слово «хупа» может означать «кувшин», «сосуд», а «хупени» — уменьшительная форма. Если прозвище дали мастеру, делавшему кувшины, или человеку с характерной внешностью (например, полному, как кувшин), то фамилия могла возникнуть и так. Но топонимическое объяснение надёжнее: большинство грузинских фамилий на -иа восходят к географическим названиям, а не к прозвищам.

Сословная принадлежность носителей фамилии Хупениа — скорее всего, крестьяне или мелкие дворяне (азнауры). В Грузии фамилии на -иа носили как князья, так и простые люди, но без дополнительных сведений о конкретном роде определить точный статус нельзя. Известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — это редкая фамилия даже по грузинским меркам.

По написанию фамилия устойчива: в русском языке её передают как Хупениа, без вариантов. Ударение, по аналогии с другими грузинскими фамилиями, падает на предпоследний слог — Хупе́ниа.