Фамилия Хупения — любопытный случай, который сразу выдаёт кавказское происхождение. Суффикс -ия, характерный для грузинских и мегрельских фамилий, здесь указывает на то, что перед нами, скорее всего, западно-грузинская (имеретинская или гурийская) фамилия. В грузинской ономастике такие окончания нередко оформляют фамилии, образованные от личных имён, прозвищ или названий местности. Сама основа «Хуп-» в грузинском языке не имеет прямого и очевидного значения, что говорит о её древности или заимствовании.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с грузинским словом «хупи» (ხუფი) — «крышка», «покрывало», «свод». В таком случае Хупения могло быть прозвищем человека, который занимался изготовлением крыш, был кровельщиком или, в переносном смысле, «закрывал» что-либо (например, хранил секреты). Однако в грузинском языке есть и слово «хупа» (ხუპა) — «сова», что делает возможной и птичью версию: прозвище могли дать за схожесть с совой — за круглые глаза, ночной образ жизни или неразговорчивость.

Встречается и версия о негрузинском корне. Фамилия могла возникнуть в среде понтийских греков или тюркских народов, где «хуп» или «хоп» означает «много», «куча» (ср. турецкое «çok»). Но в таком случае суффикс -ия выглядит искусственным приращением, что менее вероятно. Географически фамилия Хупения сегодня встречается в основном в Грузии (регионы Гурия, Имеретия) и среди грузинской диаспоры. В России она редка и почти всегда указывает на грузинские корни носителя. Социально это, скорее всего, фамилия крестьянского или ремесленного сословия, без дворянской приставки, что типично для массовых грузинских фамилий с прозвищной основой.