Фамилия Хупсергенова — женская форма фамилии Хупсергенов. Её основа — мужское имя или прозвище Хупсерген, которое с большой вероятностью имеет тюркское происхождение. В таком случае корень «хуп» или «хоп» может восходить к слову со значением «хороший», «добрый» (ср. «хуб» в персидском, заимствованном тюркскими языками), а «серген» — к тюркскому «серкен» или «серген», что означает «бодрый», «живой», «проворный». Таким образом, исходное имя могло быть составным и означать «добрый молодец» или «хороший, бодрый человек».

Однако есть и другая, более правдоподобная версия, связанная с географией. Фамилия Хупсергенова — редкая, её очаг бытования — Россия, и, судя по доступным данным, преимущественно Карачаево-Черкесия и соседние регионы Северного Кавказа. Здесь корень «Хуп-» может быть вариантом карачаево-балкарского «къуп» или «хып» — «ястреб», «хищная птица». Вторая часть «-серген» — вероятно, причастие от глагола «сергерге» (балкар.) — «вытягиваться», «тянуться», «настораживаться». Получается прозвище «ястреб, насторожившийся» или «ястреб, высматривающий добычу» — образное имя для зоркого, быстрого человека или охотника.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на русскую модель образования: «чей?» — Хупсергенов. Это типично для фамилий, которые возникли в среде, где русское делопроизводство фиксировало прозвища инородцев по отцу. То есть предок носительницы фамилии, скорее всего, был Хупсергеном — человеком с таким прозвищем или именем, а его дети и внуки стали Хупсергеновыми.

Сословно фамилия не привязана к дворянству: такие прозвищные фамилии на -ов обычно давали крестьянам, казакам или горцам, переходившим в русское подданство. В записях метрических книг XIX века она почти не встречается за пределами Кавказа, что подтверждает её локальный, «горский» характер. Таким образом, Хупсергенова — не случайная фамилия, а точный маркер происхождения из тюркоязычной среды северокавказского региона, с прозрачной, но образной внутренней формой.