Фамилия Хвоичкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а слово, связанное с природой. Корень здесь — «хвоя», то есть иголки хвойных деревьев. На первый взгляд кажется, что фамилия могла возникнуть у человека, жившего в сосновом или еловом лесу, но это не единственная и не главная версия.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ин, который в русских фамилиях чаще всего присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, и означал принадлежность: «чей?» — Хвоичкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Хвойка. А вот само прозвище Хвойка могло относиться не к лесу, а к внешности или характеру. В русских говорах «хвойкой» иногда называли колючего, неуживчивого человека — того, кто «как ёж» или «как сосновая иголка». Такое прозвище давали за острый язык или неуступчивый нрав.

Есть и более бытовая версия: в некоторых регионах «хвоей» называли не только иголки, но и мелкий хворост, ветки. Прозвище Хвойка мог получить человек, занимавшийся заготовкой такого топлива или подстилки для скота. Однако эта версия менее вероятна, потому что прозвища по роду занятий обычно образовывались от названия самого занятия (например, Дровосек), а не от материала.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — там, где хвойные леса составляют основу ландшафта. Встречается она нечасто, и большинство её носителей — выходцы из крестьянской среды, так как суффикс -ин в фамилиях этого типа характерен именно для простонародья, а не для дворянства.

С точки зрения ономастики, Хвоичкин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Соснин, Елькин, Кедров — все они образованы от названий деревьев, но Хвоичкин выделяется тем, что называет не дерево целиком, а его самую колючую часть. Это делает фамилию не просто «лесной», а скорее характеризующей — указывающей на свойство человека, а не на место его жительства.