Фамилия Кичубаев — редкий пример, в котором тюркское имя скрестилось с русским фамильным суффиксом. Искать её происхождение стоит в двух направлениях: либо в основе лежит личное имя Кичубай, либо прозвище, образованное от тюркского слова «кичик» (маленький) и имени собственного.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кичубаев буквально означает «сын Кичубая» или «потомок Кичубая». Сама основа «Кичубай» — составное тюркское имя. Первая часть, «кичу» или «кичик», у разных тюркских народов (татар, башкир, казахов, ногайцев) означает «маленький», «младший». Вторая часть — «бай» — широко распространённый компонент, означающий «господин», «богатый», «хозяин». Таким образом, имя Кичубай можно перевести как «маленький бай» или «младший хозяин». В тюркской ономастике такие имена часто давали младшему сыну в семье или ребёнку невысокого роста.

Есть и вторая, менее вероятная, версия. В некоторых говорах «кичу» могло быть вариантом слова «кичү» (переправа, брод). Тогда Кичубай — это «хозяин переправы» или тот, кто живёт у брода. Однако эта гипотеза слабее, так как сочетание «кичу» в значении «переправа» с титулом «бай» встречается в источниках реже, чем уменьшительное имя.

Географически фамилия Кичубаев почти наверняка указывает на Волго-Уральский регион или Западную Сибирь — места традиционного расселения татар и башкир. Встречается она и у казахов. Носители фамилии могли быть выходцами из крестьян или мелких служилых людей, принявших русское фамильное окончание после вхождения их земель в состав Российского государства. Уникальность фамилии в том, что она сохранила редкую архаичную форму имени, где компонент «кичу» не превратился в более привычное «кече» или «кесе», а остался в старом звучании.