Фамилия Кочубаев — один из тех случаев, когда географический ключ оказывается важнее, чем прямой перевод прозвища. Сама основа «Кочуб» или «Кочубей» звучит по-тюркски, но в русском ономастиконе она закрепилась не через степные кочевья, а через украинское казачество и русское дворянство.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на патроним — «сын Кочубая». Но вот с самим именем Кочубей начинается путаница. Самая распространённая версия возводит его к тюркскому «кёчюбей» — «переселившийся бей» или «беглый князь». Однако в реальной истории фамилия Кочубеи (без суффикса) — одна из старейших казацких фамилий, известная с XVI века. Род Кочубеев был не просто старшиной, а гетманской элитой, и его происхождение связывают с татарским мурзой Кучук-беем, перешедшим на службу к польскому королю. То есть перед нами не прозвище человека, а адаптация знатного татарского имени.

Фамилия Кочубаев, в отличие от дворянских Кочубеев, скорее всего, поздняя и народная. Если Кочубеи — это потомки конкретного рода, то Кочубаев — «сын человека по прозвищу Кочубей». Такое прозвище могли дать зажиточному казаку, которого в шутку сравнивали с богатым и влиятельным родом, или же — что правдоподобнее — человеку с тёмным цветом волос и глаз, «чернявому», напоминающего южанина. В диалектах слово «кочубей» иногда закреплялось как синоним «цыгана» или «смуглого бродяги».

Регионально фамилия Кочубаев тяготеет к югу России и Украине, но встречается и в Поволжье, где могла быть записана у крещёных татар или калмыков. В отличие от фамилии Кочубей, которая имеет литературную известность (вспомним «Полтаву» Пушкина), Кочубаев — вариант более простой, крестьянский или мещанский. Это не фамилия-титул, а фамилия-прозвище, где тюркский корень уже полностью обрусел и потерял связь с оригинальным значением «бей».