Фамилия Кочубашев — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа ставит исследователя в тупик. На слух она кажется производной от украинской фамилии Кочубей, но с русским суффиксом -ев. Однако всё сложнее: суффикс -ашев указывает на иную модель образования. В русских фамилиях суффикс -аш (как в Мордаш, Головаш) встречается редко и обычно присоединяется к прозвищам, описывающим внешность или характер. Если основа «кочуб» действительно связана с украинским словом «кочубей» (от тюркского «кёчюбей» — «кочевой князь» или «маленький бей»), то фамилия могла возникнуть у выходца с юга России или Украины, которого прозвали Кочубой или Кочубом, а затем, по русской модели, добавили суффикс -аш, превратив прозвище в Кочубаш. Потомок такого Кочубаша и стал Кочубашевым.

Но есть и другая, более прозаичная гипотеза. В некоторых говорах русского Севера и Сибири словом «кочуб» называли корягу, сучковатое дерево или даже неуклюжего, медлительного человека. Прозвище Кочуб — «корявый, как коряга» или «мешковатый» — вполне могло получить суффикс -аш (Кочубаш), а затем фамильный суффикс -ев. Эта версия выглядит убедительнее, потому что не требует заимствования из тюркского или украинского и объясняет редкий суффикс местной диалектной традицией.

География фамилии Кочубашев неширока: она встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении. В центральных областях России и на Украине она почти не фиксируется. Сословно — это фамилия крестьянская или мещанская, без связи с дворянскими родами. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией не обнаружено, поэтому она остаётся чисто бытовым памятником: кто-то из предков получил меткое прозвище за неуклюжесть или за сходство с корягой, а спустя поколения это превратилось в фамилию, звучащую почти как книжная, но на деле — народная.