Фамилия Киеккужин — редкий случай, когда основа почти наверняка восходит к башкирскому или татарскому составному имени. В пользу этого говорит и суффикс -ин, и сама структура корня. Чтобы понять значение, нужно разобрать слово на две части: «киек» и «кужа» (или «куж»).

Первая часть, «киек», в башкирском и татарском языках означает «дикий», «дикарь», а также может относиться к дикому животному, чаще всего к козлу или оленю. Вторая часть — «кужа» (вариант «хужа») — это «хозяин», «владелец», «господин». Таким образом, имя Киеккужа (от которого и пошла фамилия) буквально переводится как «хозяин диких зверей» или «владыка дикой природы». Такие имена-обереги были распространены в тюркской среде: считалось, что называя ребенка «хозяином» опасной силы, родители заручаются её покровительством и защищают его от зла.

Суффикс -ин в данном случае — не русский патронимический (как в фамилиях типа Ильин), а тюркский притяжательный суффикс, который при адаптации фамилии в русской среде слился с окончанием. Фамилия Киеккужин — это, по сути, «принадлежащий роду Киеккужи», то есть потомок того самого Киеккужи.

С географической точки зрения фамилия почти наверняка встречается в Башкортостане, Татарстане и среди башкирских и татарских общин в Челябинской и Оренбургской областях. Встречаются варианты написания Киеккузин, где конечный звук «ж» заменяется на «з» — это может отражать особенности диалектного произношения или просто описку в документах.

Интересно, что фамилия не попала в массовые словари русских фамилий, что лишний раз подтверждает её узкую этническую привязку. Носитель такой фамилии может с большой вероятностью проследить свои корни до конкретного башкирского рода или татарской деревни, где имя Киеккужа было в ходу в XVII–XIX веках.