Фамилия Кигизбаева — редкий случай, когда географический и этнический ключ к разгадке лежит почти на поверхности. Основа фамилии — «кигиз» — это фонетический вариант слова «кыгыз» или «кыргыз», то есть «киргиз». В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, переход «р» в «г» или полное выпадение звука — явление распространённое. Таким образом, прозвище «Кигиз» могло означать человека киргизского происхождения либо того, кто долго жил среди киргизов или был с ними связан торговлей. Вторая часть — «бай» — в тюркской ономастике означает «богач», «господин», «хозяин». Сложносоставные имена и прозвища с компонентом «бай» (Туктабай, Ишбай, Байбулат) были широко распространены у башкир, татар, казахов. Получается, что Кигизбай — это буквально «киргизский богач» или «богатый киргиз».

Суффикс «-ева» указывает на принадлежность. Фамилия образована по русской модели от тюркского мужского имени или прозвища Кигизбай. Женская форма Кигизбаева говорит о том, что носительница — потомок того самого Кигизбая. Мужская форма — Кигизбаев. Такая модель характерна для фамилий народов Поволжья и Урала, которые в XIX–XX веках активно входили в российскую сословную систему и получали фамилии по отцу.

География фамилии подсказывает, что её корни — на Южном Урале, в Башкортостане и соседних областях. В башкирских родословных (шэжэрэ) нередко встречаются имена с указанием на этническую принадлежность предка. Не исключено, что носитель прозвища Кигизбай был пришлым киргизом, который женился в башкирском роде и остался там жить, закрепив за собой и потомками это прозвище. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: «кигиз» может восходить к тюркскому «киез» (войлок) — тогда прозвище могло относиться к мастеру по войлоку. Однако сочетание с «баем» делает первую версию с этнонимом более стройной.

Фамилия нечастотная, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких смежных родов. В сословном плане предки, вероятно, были башкирами-вотчинниками или тептярями — категорией населения, платившей ясак. В архивных записях метрических книг Оренбургской и Уфимской губерний за конец XIX века можно найти Кигизбаевых — это были крестьяне или военнослужащие кантонной системы.