Фамилия Кимисиенко — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не географическое название, а, скорее всего, личное прозвище восточного происхождения. Строение фамилии выдает её украинское или южнорусское бытование: суффикс -енко (в безударной позиции часто переходящий в -єнко) указывает на «малого», потомка или человека, связанного с тем, кто назван в корне. То есть Кимисиенко — буквально «сын Кимисия» или «человек из рода Кимисия».

Корень Кимис- не славянский. Самая вероятная версия: это русифицированная или украинизированная форма тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть корень kimi — «кто»? Или kim — «кто», «какой». Прозвище Кимис могло означать «чужак», «неизвестный», «пришлый» — так могли назвать человека, чье происхождение было неясно, или ребенка-подкидыша, или просто новичка, о котором ничего не знали. Менее вероятна связь с греческим именем Кимис (редкая форма от Евфимий или Иоаким), но для фамилий с суффиксом -енко греческая основа нетипична.

Словообразовательная модель Кимисиенко — нестандартная. Обычно фамилии на -енко образуются от полных имен (Иваненко, Петренко) или от прозвищ с конечным согласным. Здесь же мы видим наращение -ис-, что может быть остатком греческого окончания (-ис) или просто фонетическим оформлением чужого корня на русский лад. В украинских метриках XVIII–XIX веков встречаются похожие образования вроде Кимис, Кимищук, что подтверждает: корень был жив как самостоятельное прозвище, а не как сокращение от крестильного имени.

Социальный контекст: фамилии на -енко в основном носили казаки, крестьяне и мещане Левобережной Украины и Слобожанщины. Кимисиенко — фамилия недворянская, без приставки «фон» или окончания -ский. Её носители, скорее всего, были вольными казаками или государственными крестьянами, а само прозвище могло закрепиться за семьёй, где предок был «неизвестно откуда» — либо пленный, либо беглый, либо просто человек без роду-племени.

В современных базах фамилия Кимисиенко встречается единично, в основном на юге России и востоке Украины. Это говорит о том, что род был немногочисленным и не разросся в крупные ветви. Если вы носите эту фамилию — велика вероятность, что ваш предок был человеком с неясным прошлым, и это обстоятельство закрепилось в самом родовом имени.