Фамилия Комисиенко — звонкий пример того, как должность или поручение, данное человеку, превратились в наследственное родовое имя. В её основе лежит прозвище Комисия, а то, в свою очередь, восходит к слову «комиссия». Само слово происходит от латинского comitare — «созывать на народное собрание» или «избирать на народном собрании», но в России у этого корня сложилась своя, более практичная судьба.

Прозвище Комисия, скорее всего, относилось к так называемым «профессиональным» именованиям. Здесь есть два близких смысла. Первый и самый прямой: прозвище давали начальнику высокого ранга, чиновнику, которому поручали ответственное дело — то есть «комиссию». Второй, более распространённый вариант: в основе лежит слово «комиссар». В старину комиссаром называли должностное лицо, которому давалось особое, часто временное поручение. Такие персонажи — чиновники с «комиссией» — встречаются даже в произведениях Н. В. Гоголя, например, в «Вечерах на хуторе близ Диканьки», что говорит о бытовании этого именования.

Модель образования фамилии типична для украинского и южнорусского ономастикона. Суффикс -енко (в исходном варианте -екно, что могло быть диалектной или фонетической особенностью записи) буквально означает «сын» или «потомок». Таким образом, Комисиенко — это «сын Комисии». Прозвище отца, указывавшее на его занятие или чин, перешло к детям, закрепилось сначала в быту, а затем и в документах, полностью вытеснив прежнее наследственное имя.

Стоит обратить внимание на редкость корня. Фамилии на -енко от слова «комиссия» встречаются нечасто, что делает Комисиенко отличным маркером конкретной семьи, где предок занимал заметную административную или выборную должность. В отличие от распространённых «ремесленных» фамилий (Кузнецов, Плотников), эта указывает не на физический труд, а на социальный статус или доверенное дело.