Фамилия Комисова — женская форма, а мужская, Комисов, образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный, с помощью суффикса -ов. Вопрос в том, что лежит в основе: имя, профессия или иная характеристика.

Самый прямой и вероятный путь — от слова «комиссар». В народной речи это звание или должность нередко редуцировали до «комис», теряя конечную часть. Так могли прозвать человека, который служил комиссаром, работал в продовольственном комиссариате или просто держался с начальственной важностью. В некоторых говорах «комисом» называли приказчика или управляющего. Эта версия объясняет и географию фамилии: она встречается в областях, где в XIX — начале XX века была развита система комиссариатов (например, в Поволжье и на юге России).

Вторая, менее очевидная гипотеза — от имени Комис, которое могло быть сокращением от канонического Никодим или Косма (Кузьма). В быту имя Кузьма часто укорачивали до Кузя, а Никодим — до Кодим или Дим. Сокращение до Комис звучит искусственно, но в отдельных диалектах, по наблюдениям В. А. Никонова, встречались и такие усечения. Тем не менее, связь с должностью «комиссар» остаётся основной: она проще, понятнее и подкрепляется множеством аналогичных фамилий (Попов, Дьяков, Солдатов).

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Комисов — сын Комиса. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению, что типично для прозвищных образований. В дореволюционных метрических книгах Комисовы встречаются в основном среди государственных крестьян и однодворцев центральных губерний.

Интересная деталь: в XIX веке фамилию могли записать как Комисовъ, с твёрдым знаком на конце, но после реформы 1918 года она закрепилась в современном виде. Встречается и вариант Комиссова, с двойной «с», — это более поздняя, «книжная» форма, возникшая под влиянием полного написания слова «комиссар». Однако исконный, народный вариант — с одной «с», и именно он преобладает в архивных записях.