Фамилия Комисева — женская форма от Комисев, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт географию происхождения. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае корень «Комис-» — это, скорее всего, искажённое или диалектное произношение слова «комиссар». Фамилии на -ев от должностей и званий — обычное дело: от «дьяк» пошёл Дьяков, от «поп» — Попов, а от «комиссар» в народной речи, где конечный -ар часто редуцировался или упрощался, возник Комис (или Комыс). Так что Комисев буквально означает «сын комиссара» или «человек, принадлежащий комиссару».

В русской ономастике есть и другая версия, менее вероятная: связь с личным именем Комисий (от греческого «комис» — «попечитель», встречалось в святцах). Но в быту такие редкие канонические имена обычно обрастали суффиксами -ин (Комисин), а не -ев. Поэтому прозвищное происхождение от должности выглядит правдоподобнее.

Социальный контекст: комиссарами в допетровской Руси называли не только военных чиновников, но и сборщиков податей или лиц, ведавших хозяйственными делами в вотчинах. Фамилия Комисев могла закрепиться за потомками крепостных, служивших у такого комиссара, или за приказными людьми, чей предок сам занимал эту должность. В XIX веке фамилия встречается преимущественно в центральных губерниях России, особенно в Тверской и Ярославской, где было развито вотчинное управление.

Ударение в фамилии Комисева плавающее: в разных семьях могут произносить и на второй слог (КомИсева), и на третий (КомисевА). Это типично для фамилий, образованных от слов с подвижным ударением в исходной форме. Однокоренные варианты — Комиссаров (самая распространённая форма), Комисов, Комисаренко — встречаются чаще, а Комисев остаётся более редкой, диалектной ветвью, сохранившей народное произношение.