Фамилия Комысенко звучит на украинский лад и образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей — с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», в XVI–XVII веках закрепился в казацкой среде на Левобережной и Слободской Украине, а позже стал фамильным маркером для целых регионов. Комысенко — буквально «сын Комыса» или «потомок Комыса».

Основа фамилии — прозвище Комыс. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны два основных объяснения. Первое: Комыс — вариант прозвища Камыш, которое давали высокому, худощавому человеку с жёсткими, торчащими волосами, либо тому, кто жил у зарослей камыша. В украинских говорах слово «комиш» (камыш) могло звучать как «комыс», особенно в южных и восточных диалектах. Второе, более редкое: Комыс может быть производным от тюркского слова «комыс» — так называли перебродившее кобылье молоко (кумыс). Прозвище могли дать любителю этого напитка или торговцу им, что указывало бы на контакты с кочевыми народами, характерные для запорожских земель.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с диалектным глаголом «комысати» — в некоторых говорах так обозначали медлительного, неуклюжего человека. Однако эта версия не подкреплена надёжными лексикографическими источниками и остаётся предположением.

Географически фамилия Комысенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Сумской, а также в Краснодарском крае России, куда переселялись украинские казаки. В России фамилию могли русифицировать, заменив окончание на -ов, но форма Комысенко сохранилась достаточно устойчиво.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к казакам или крестьянам. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был характерен именно для казацкой старшины и простых казаков, а не для шляхты или духовенства. Таким образом, предки современных Комысенко — люди, получившие прозвище по внешности, занятию или месту жительства, а их потомки закрепили это прозвище в фамилии по отчеству.

Несмотря на кажущуюся прозрачность, фамилия Комысенко хранит в себе загадку: какой именно смысл вкладывали в прозвище Комыс, сегодня можно только реконструировать. Но ясно одно — это типичная украинская фамилия с прозрачной словообразовательной историей, уходящая корнями в быт и природу Поднепровья.