Фамилия Комысев образована от прозвища или нецерковного имени Комыс. В основе лежит диалектное слово «комыс» — так в некоторых русских говорах называли комара, мошку или слепня. Прозвища, данные по названиям насекомых, на Руси встречались нередко: Комар, Овод, Муха, Сверчок. Человек мог получить такое прозвище из-за невысокого роста, назойливого характера или просто как шутливое прозвище, которое со временем забылось, но осталось в фамилии.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Комысев — это «сын Комыса». Фамилия закрепилась в северных и центральных областях России, где слово «комыс» в значении «комар» было особенно распространено — в архангельских, вологодских, вятских говорах. Встречаются также варианты написания Комысов, но форма с -ев исторически более характерна для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или шипящий.

Более редкая версия связывает фамилию с тюркским корнем «комыс» (кумыс) — кисломолочный напиток. В этом случае прозвище мог получить человек, занимавшийся приготовлением или продажей кумыса, либо имевший к нему какое-то отношение. Однако эта гипотеза менее вероятна: фамилия Комысев нехарактерна для регионов с тюркским населением, а её география в основном русская северная.

Фамилия не относится к числу дворянских или старинных аристократических родов. Её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян с фамилией Комысев в Вологодском и Архангельском уездах. Сегодня фамилия редкая, встречается в основном на Русском Севере и в Сибири — в местах, куда переселялись северные крестьяне в XIX веке.