Фамилия Комыса — редкая и нестандартная для русского уха. Если не считать случайных совпадений, её происхождение напрямую связано с украинским или южнорусским словом «коми́са» или «комы́са». Так в диалектах называли неуклюжего, неловкого человека, а также — того, кто ходит вперевалку, «комолого» (безрогого, а в переносном смысле — безобидного увальня). Корень здесь тот же, что в слове «ком» (комок, нечто сбитое, плотное), а суффикс -ыс- придаёт прозвищу несколько пренебрежительный, бытовой оттенок.

В отличие от абсолютного большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Комыса не склонялась по падежам как притяжательное прилагательное. Она застыла в форме именительного падежа единственного числа. Это типично для прозвищ, которые «приклеились» к человеку и перешли к его потомкам без добавления суффикса принадлежности. Такая модель встречается в среде запорожского казачества и на Слобожанщине, где фамилии нередко были просто уличными кличками.

Географически фамилия тяготеет к Черниговщине, Полтавщине и соседним областям России (Белгородская, Курская). В этих местах «комысой» могли окрестить медлительного крестьянина, пастуха или ремесленника, который работал тяжело, но без особой сноровки. Встречается и другое, более тёмное толкование: в некоторых говорах «комыса» — это человек, который «комыкает», то есть заикается или мямлит, говорит невнятно. Обе версии не противоречат друг другу: прозвище давали по внешнему или речевому недостатку.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Коми́саров, Комы́сов, Комы́син — показывает, что именно форма Комыса сохранила исходную прозвищную основу без последующей русификации. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается спорадически, чаще у крестьян и мещан, и почти никогда — у дворян. Сейчас её носители живут в основном в Украине и на юге России, а общая численность невелика, что делает её ярким маркером локального происхождения.