Фамилия Кинаев — редкий случай, когда прозвищная основа, скорее всего, связана не с внешностью или ремеслом, а с характером и поведением. В её основе лежит древнерусское слово «кинать» или «кинуть», то есть «бросать», «кидать». В диалектах «кинаем» называли человека порывистого, суетливого, того, кто всё бросает на полпути, не доделывает. В некоторых говорах слово приобретало ироничный оттенок — так говорили о хвастуне или пустомеле. Прозвище Киняй или Кинай давали человеку с неспокойным нравом, который «кидался» из стороны в сторону, не имел терпения.

Модель образования типична для русских фамилий на -ев: суффикс присоединяли к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или -й. В данном случае исходное прозвище звучало как Кинай, а фамилия Кинаев буквально означала «сын Киная». Менее вероятная, но возможная версия возводит фамилию к тюркскому имени Кинай (от «кен» — широкий, просторный), однако для центральных русских областей, где фамилия встречается чаще всего, более органично славянское объяснение.

Географически Кинаевы заметнее всего в Поволжье — в Нижегородской, Самарской, Ульяновской областях. Это косвенно подтверждает прозвищную версию: в волжских говорах «кинать» и «кинуться» имели хождение именно в значении «суетиться, метаться». Сословного барьера у фамилии не было — её могли носить и крестьяне, и мещане, и купцы, если прозвище прилипало к родоначальнику.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Кинаев стоит в ряду прозвищных фамилий, которые напрямую отражают личную черту первого носителя. В этом смысле она близка к фамилиям типа Бросаев, Кидаев или Толкаев — все они образованы от глаголов, описывающих действия или поведение. Однофамильцы с корнем «кин» встречаются редко, что делает Кинаева легко узнаваемой фамилией без путаницы с другими родами.