Фамилия Кинаева — женская форма, а её мужской вариант — Кинаев. Если смотреть на словообразовательную модель, перед нами типичная оттопонимическая или отпрозвищная фамилия, образованная с помощью суффикса -ев, который крепится к основе на мягкий согласный. В данном случае основа — «Кинай». В русской ономастике суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Кинаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кинай.

Корень «Кинай» — редкий и вызывает споры. Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам, где слово «кин» или «кын» означает «нож», «клинок», а в переносном значении — «острый», «резкий». Прозвище Кинай могли дать человеку с острым языком или, напротив, мастеру-оружейнику. В татарских и башкирских говорах встречается имя Кинай (Кинйә) — уменьшительная форма от имени Кинзя (от арабского «кинз» — сокровище). Таким образом, фамилия могла возникнуть у крещёных татар или башкир, перешедших в православие и получивших фамилию по отцовскому имени.

Вторая, менее распространённая версия, отсылает к славянскому диалектному глаголу «кинать» — кидать, бросать. В псковских и тверских говорах «кинать» означало «метать», «швырять». Прозвище Кинай в таком случае могло закрепиться за непоседой или за тем, кто работал с метательными орудиями — например, за рыбаком, забрасывающим сети. Однако эта версия слабее: глагол редкий, а фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние исторически сильнее.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Кинаевы компактно проживают в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у мордвы-эрзи, что объясняется многовековыми контактами с тюркскими народами. Фамилия не была дворянской или купеческой — это фамилия крестьян и мастеровых, что типично для позднего формирования русских фамилий у нерусских народов Поволжья (XIX век). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Кинáева, хотя в некоторых регионах говорят Кинáева с ударением на первый.