Фамилия Киндулкина — редкий пример, в котором на равных правах сошлись несколько языковых и культурных традиций, и однозначно выбрать одну из них непросто.

Самая обоснованная версия связывает фамилию с тюркским именем Кендулла. Оно составное: первая часть восходит к тюркскому kendi — «сущность», вторая — к арабскому Ullah («Аллах»). Вместе имя означает «божественная сущность» или «природа Аллаха». На русской почве произносительная норма изменила корневое «е» на «и», так появилась основа «Киндул-». От неё образовали уменьшительную форму Киндулка, а уже от неё — фамилию с типичным русским суффиксом принадлежности -ин- (отвечает на вопрос «чей?»: сын Киндулки → Киндулкин). Для женщин закрепилась форма Киндулкина.

Менее убедительна альтернативная версия, выводящая фамилию из марийского языка. Слово кинде означает «хлеб». В таком случае прозвище Киндула (и уменьшительное Киндулка) могло указывать на профессию — хлебороба или пекаря. Однако эта гипотеза слабее хотя бы потому, что марийское слово не даёт естественного объяснения суффиксу -ул- в основе, который органично ложится в тюркскую модель образования имён.

Есть и третья, самая спорная версия: связь с греческими крестильными именами Киндей («опасный») и Акиндин («безопасный»). От них могла возникнуть краткая форма Кинда, а от неё — Киндулка. Но здесь слишком много допущений, и эта гипотеза заметно уступает двум первым по лингвистической логике.

Таким образом, наиболее вероятно, что предки носительницы фамилии Киндулкина носили тюркское имя Кендулла, которое в бытовом общении сократили до Киндулки. Точное место и время возникновения фамилии могут установить только углублённые генеалогические изыскания.