Фамилия Кинишенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально имел значение «малый», «сын» или «потомок». То есть Кинишенко — это буквально «сын Киниша» или «потомок Киниша».

Самая сложная часть — основа «Киниш». Она не является распространённым каноническим именем, поэтому здесь возможны два основных пути. Первый: основа могла возникнуть из прозвища. В украинских говорах слово «киниш» или близкие к нему формы могли относиться к чему-то маленькому, незначительному или, наоборот, к человеку с определённой манерой поведения. Второй, более вероятный, путь: «Киниш» — это фонетическая или диалектная форма от крестильного имени. Например, от имени Кин (редкая краткая форма от Иоаким) или от греческого имени Кинсей. В таком случае суффикс -иш мог быть ласкательным или уменьшительным, как в фамилиях Денишенко (от Денис) или Иванишенко (от Иван). Получается, что Кинишенко — это «внук» или «сын» человека, которого в быту звали ласково Киниш.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины. В России она встречается редко, чаще всего как результат миграций XIX–XX веков. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в великорусских землях, Кинишенко сохраняет типично украинский патронимический суффикс, что сразу указывает на происхождение рода из малороссийской среды.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к казачеству или крестьянству. Фамилии на -енко в XVII–XVIII веках активно формировались именно в казацкой среде, а позже распространились на все слои населения. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от просторечных форм имён или прозвищ. Фамилия не имеет отношения к тюркским корням, хотя внешне напоминает некоторые восточные имена — славянская модель образования здесь первична.