Фамилия Кинишев — редкий случай, когда форма на -ев скрывает за собой не тюркское, а, скорее всего, финно-угорское происхождение, что сразу выделяет её среди множества «восточных» фамилий с похожим звучанием.

Основа фамилии — слово «киниш» или «кинеш». В коми-пермяцком и удмуртском языках «киниш» означает «пупок», «пуповина», а в переносном смысле — «маленький», «коротышка», «детёныш». Скорее всего, прозвище Киниш давали либо невысокому человеку, либо младшему, позднему ребёнку в семье (как «пуп земли» — в значении «последыш»). Суффикс -ев указывает на принадлежность: «Кинишев» буквально — «сын Киниша», «из рода Киниша».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским корнем «кениш» (совет, собрание) или «кенеш» (советник). Однако для тюркских фамилий типичен суффикс -ов (Кенишев, Кенешев), а форма с -ев чаще встречается у фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й. В случае с «Кинишев» мы видим именно мягкую основу, что характерно для пермских и волго-уральских языков.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России: Пермский край, Кировская область, Удмуртия. Здесь она встречается у коми-пермяков и русских, давно живущих в смешанных районах. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным крестьянам или черносошным — на этих землях было мало помещичьего землевладения, и фамилии закреплялись за крестьянскими родами уже в XVII–XVIII веках.

В написании фамилии возможны варианты «Кинешев» (с буквой «е»), но форма с «и» более архаична и точнее передаёт местное произношение. Если ваш предок носил фамилию Кинишев, он, вероятно, происходил из коренного населения Прикамья, и прозвище могли дать за малый рост или за то, что он был поздним, «пуповым» ребёнком в семье.