Фамилия Киндишев — редкий случай, когда разбор упирается не столько в корень, сколько в географию и возможное тюркское происхождение. Если смотреть на модель, то перед нами типичный патроним на -ев: фамилия образована от личного имени или прозвища Киндиш. Основа, скорее всего, не славянская, а тюркская, что сразу сужает круг поиска.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «киндик» (пуп, пуповина) или «киндиш» (в некоторых диалектах — родственник, сородич, связанный узами крови). В ономастике такое встречается: прозвище Киндиш могли дать младшему ребёнку в семье, последышу (по аналогии с пуповиной как символом связи), либо человеку, который считался хранителем родовых связей. Менее вероятна, но возможна версия от арабского имени Кинди (по названию аравийского племени кинда), но в русской фамильной модели это дало бы скорее Киндов или Киндиев, а не Киндишев.

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия закрепилась в русской среде, скорее всего, через служилых татар, башкир или других тюркских народов, которые переходили на русскую службу и получали фамилии по отцу. Встречаемость фамилии очень локальная: по данным современных поисковиков, большинство носителей Киндишевых сосредоточено в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это подтверждает версию о башкирских или татарских корнях, где имя Киндиш (или Киндеш) встречается как мужское личное имя.

Интересная деталь: в башкирском языке есть слово «киндеш» — «единоутробный», то есть родной по матери. Если прозвище пошло от этого значения, то первый Киндиш мог быть человеком, который подчёркивал своё происхождение по материнской линии, что для тюркских обществ не редкость. Таким образом, Киндишев — это не «сын пупа», а скорее «сын того, кто связан родством по матери».

Дворянства за этой фамилией в дореволюционных родословных книгах не числится. Это фамилия крестьянского, казачьего или мещанского сословия, закрепившаяся в южноуральском и приволжском регионах.