Фамилия Кильдишев имеет тюркско-татарские корни. В её основе лежит имя Кильдиш, которое складывается из двух частей: «кильде» — «родился» и «иш» — «помощник, ребёнок». Получается, что имя Кильдиш можно перевести как «родился помощник». Скорее всего, так называли долгожданного и желанного ребёнка, которого ждали в семье как подмогу.

Существует и другая версия происхождения. Фамилия могла возникнуть от прозвища Кильдиш, образованного от слова «келдиш». В языке литовских татар это слово означает «тот, кто пришёл в дом невесты, муж». В таком случае Кильдишем могли прозвать зятя, мужа дочери, который вошёл в дом жены.

В любом случае, фамилия Кильдишев образована по стандартной русской модели: к основе Кильдиш добавился суффикс -ев, указывающий на принадлежность. Потомок человека по имени или прозвищу Кильдиш со временем получил фамилию Кильдишев.