Фамилия Кильдишев ведет начало от тюркско-татарского имени Кильдиш. В его основе лежат два слова: «кильде» («родился») и «иш» («помощник, ребенок»). В буквальном переводе имя Кильдиш означает «родился помощник». Скорее всего, так называли долгожданного или желанного ребенка — того, кого ждали как подмогу в семье.

Существует и другая версия происхождения фамилии. По ней, в основе лежит не имя, а прозвище Кильдиш, восходящее к слову «келдиш». В языке литовских татар это слово обозначало «тот, кто пришел в дом невесты» — то есть мужа. В таком случае прозвище Кильдиш мог получить зять, вошедший в дом родителей жены.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или — как в данном случае — на шипящий. Форма Кильдишев буквально значит «сын Кильдиша» или «потомок Кильдиша».

Эта фамилия — памятник восточной культуры, но ее точная география и время возникновения требуют отдельного генеалогического исследования. Процесс закрепления фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности, поэтому окончательный вывод о происхождении конкретной ветви Кильдишевых можно сделать только после работы с архивными документами.