Фамилия Кильдинов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. В основе лежит не имя и не ремесло, а название реки Кильдин, точнее — острова и пролива Кильдин в Баренцевом море у побережья Кольского полуострова. Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа — на прозвище по месту жительства: Кильдин — тот, кто с Кильдина, с той стороны.

Слово «Кильдин» — саамского происхождения. По одной из гипотез, оно восходит к саамскому «кильд» — «край, берег» или «кильдт» — «зимнее стойбище». Таким образом, исходное прозвище давали человеку, который либо родился на острове Кильдин, либо переселился оттуда на материк, либо промышлял в тех водах. В поморской среде такие топонимические прозвища были обычны: человека называли по месту, откуда он пришёл, и это становилось фамилией.

Вторая, менее вероятная версия, выводит основу из тюркского корня, например, от татарского «кильде» — «пришёл, прибыл». Но против неё говорит ареал: Кильдиновы — не поволжская или сибирская фамилия, а типично севернорусская, поморская. Встречается она прежде всего в Архангельской области и Мурманской области, а также в старообрядческих общинах Русского Севера. Тюркская гипотеза не объясняет, почему носители сконцентрированы именно там, а не в Казани или Оренбуржье.

Суффикс -ин в фамилии отсутствует, хотя основа оканчивается на твёрдый согласный — это норма для -ов: Кильдин + ов. Ошибок в написании практически не бывает, но в дореволюционных метриках можно встретить вариант «Килдинов» (с одним «н») — следствие неграмотного письма или местного говора, где двойные согласные не выделяли.

Сословно Кильдиновы — почти наверняка государственные крестьяне или мещане из поморских городков (Кола, Архангельск, Онега). Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет. Это фамилия людей моря, рыбаков и зверобоев, чья жизнь была связана с суровым побережьем Баренцева моря.