Фамилия Кильдин — одна из тех, где географическое происхождение просматривается почти наверняка, а вот точное значение исходного слова остаётся открытым. Скорее всего, перед нами топонимическая фамилия, образованная от названия реки или населённого пункта. Самый очевидный кандидат — река Кильдин, которая протекает в Мурманской области и впадает в Кольский залив Баренцева моря. На этой реке стоит село Кильдинстрой, а у входа в залив находится остров Кильдин. В таком случае фамилия Кильдин могла закрепиться за выходцем с этих мест — помором или жителем Кольского полуострова.

Модель образования проста: основа «Кильд-» плюс суффикс -ин, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность («чей?»). Форма Кильдин — это краткое притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей ты будешь?»: сын человека по прозвищу Кильда или, что вероятнее, выходец с Кильды. Суффикс -ин типичен для северных и центральных областей России, что совпадает с локализацией топонима.

Есть, однако, и другая версия, более редкая. В некоторых говорах «кильда» могла означать нечто вроде «килька» или «мелкая рыба», но это слово не фиксируется в словарях как устойчивое прозвище. В ономастических справочниках фамилия Кильдин не упоминается в числе распространённых, и это подтверждает её локальный, привязанный к конкретной территории характер. В отличие от массовых фамилий на -ов, она встречается редко, и её носители — скорее всего, потомки людей, живших на берегах одноимённой реки или острова.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кильдин стоит в одном ряду с Кильдюшев, Кильдеев, но у них другое происхождение — тюркское, от личного имени Кильди (от тюркского «пришёл»). Русская же фамилия Кильдин, напротив, чисто географическая, и её история уходит не в степные кочевья, а в суровый северный край, где люди часто получали фамилии по месту жительства.