Фамилия Киль короткая, но её происхождение вызывает несколько версий, и каждая по-своему логична. Самая прямая из них — профессиональное прозвище. Голландское слово kiel означает «балка, проходящая посредине днища судна от носовой до кормовой оконечностей», то есть киль. Прозвище Киль могли дать моряку или судостроителю — человеку, чья работа была связана с кораблями. Эта версия выглядит правдоподобно, учитывая активные торговые и культурные связи России с Голландией в XVII–XVIII веках, особенно при Петре I.

Вторая гипотеза отсылает к географическому названию. Город Киль — столица немецкой земли Шлезвиг-Гольштейн, расположен на берегу одноимённого залива Балтийского моря. Основанный между 1233 и 1242 годами графом Адольфом IV Гольштейнским, этот город дал название многим выходцам из него. В истории России Киль известен ещё и тем, что там родился Пётр III — российский император, первый представитель Голштейн-Готторпской ветви Романовых на престоле. Не исключено, что предок носителей фамилии Киль был переселенцем из этого города.

Третья версия менее очевидная, но тоже имеет право на существование. Киль мог быть краткой формой имени Килин или Килиан, которое, в свою очередь, восходит к ирландскому имени Келлах. В переводе с ирландского оно означает «светлоголовый» или «умный». Имя стало популярным в средневековой Европе благодаря христианскому миссионеру Киллину, проповедовавшему в Тюрингии и Франконии в VII веке. Если фамилия действительно восходит к этому имени, то её корни уходят в ирландскую и немецкую церковную традицию.

В документах фамилия встречается в разных регионах. В Книге памяти Красноярского края записан Киль Борис Яковлевич, родившийся в 1897 году в городе Ачинск Енисейской губернии. А в Книге памяти Свердловской области упоминается австриец Киль Маер, рождённый в 1893 году в городе Городенка. Эти записи показывают, что фамилия бытовала как среди русских, так и среди выходцев из Европы, что подтверждает её возможное немецкое или голландское происхождение.