Фамилия Килько звучит на украинский лад: суффикс -ко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он соответствует русскому -ов/-ев и указывает на происхождение от прозвища или имени. В основе фамилии лежит либо имя Киль, либо прозвище Килько. Первое, что приходит на ум — связь с рыбой: килька. Но вряд ли предка прозвали в честь мелкой рыбёшки. Скорее всего, корень другой.

Гораздо правдоподобнее версия, что Килько — это уменьшительная форма от канонического имени Акила (от латинского aquila — «орёл»). В народной речи имя Акила сокращали до Кила, а затем добавляли уменьшительный суффикс -к-: получалось Килько. Подобные переходы в русских и украинских фамилиях не редкость: например, от имени Ермолай образовалась фамилия Ермаков. Таким образом, предок носителя фамилии Килько мог быть сыном человека по имени Акила, которого в быту звали Килько.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование. В северо-западных говорах (псковских, тверских) словом «киль» называли клин, вставку в одежде или деревянный гвоздь. Прозвище Килько мог получить портной, работавший с клиньями, или плотник, делавший деревянные крепления. Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилия с суффиксом -ко в большей степени характерна для южных и центральных областей, где такого значения слова «киль» не было.

Географически фамилия Килько чаще всего встречается в Украине, особенно в западных и центральных областях — на Волыни, в Житомирской и Хмельницкой областях. В России она редка и, скорее всего, принадлежит потомкам переселенцев с Украины. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «и»: она безударная, поэтому на слух фамилию иногда путают с «Келько». Но исторически правильное написание через «и» — от имени Акила, где «и» в корне исконное.