Фамилия Кильдий — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, скорее всего, не славянская, а западноевропейская или балтийская, что сразу выделяет её на фоне типичных русских фамилий на -ов и -ин.

Суффикс -ий в русских фамилиях обычно указывает на польское или украинское влияние (сравните: Высоцкий, Ковальский) или на искусственное, семинарское происхождение. Однако в случае с Кильдий суффикс может быть просто русифицированным окончанием исходной формы. Корень «Кильд-» почти наверняка восходит к немецкому или скандинавскому имени или прозвищу. Наиболее правдоподобная версия — от немецкого слова «Kind» (ребёнок, дитя) или его диалектных вариантов. В немецких фамилиях существует форма Kind, а также её производные с суффиксами, например, Kindel. При заимствовании в русскую среду «Kind» могло превратиться в «Кильд» через промежуточное произношение (смягчение «д» и появление «ль»), а затем получить окончание -ий по аналогии с фамилиями польского типа.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с литовским или латышским корнем «kild-» (ссора, спор). В таком случае прозвище Кильда мог получить сварливый человек. Однако, учитывая географию распространения фамилии (она встречается у потомков немецких колонистов в Прибалтике и на юге России), немецкая версия выглядит убедительнее.

Носители фамилии Кильдий — это, скорее всего, потомки обрусевших немцев или выходцев из Прибалтики, которые в XVIII–XIX веках оседали в Российской империи. Фамилия могла закрепиться за одним родом и не получить широкого распространения, поэтому сегодня она встречается редко, в основном на юге России и в Сибири, куда переселенцы уезжали в ходе столыпинской реформы. Никакого отношения к дворянскому сословию или известным историческим личностям фамилия, по всей видимости, не имеет — она осталась в крестьянской и мещанской среде.