Фамилия Кильдишова — женская форма фамилии Кильдишов. Её основа — тюркско-татарское личное имя Кильдиш. Это имя составное: первая часть «кильде» переводится как «родился» или «пришёл», вторая — «иш» означает «помощник» или «ребёнок». Таким образом, имя Кильдиш можно понять как «родился помощник» или «пришёл ребёнок». Однако у литовских татар слово «келдиш» приобрело иное значение — «тот, кто пришёл в дом невесты, муж». Эта версия указывает на возможную связь фамилии с брачными обычаями: так могли прозвать зятя, пришедшего жить в дом жены.

Суффикс -ов- в фамилии Кильдишов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («чей?»). Он присоединялся к основе имени отца, поэтому Кильдишов буквально означает «сын Кильдиша». Такая модель образования фамилий закрепилась в русской среде в XVI–XVII веках, когда тюркские и татарские имена активно входили в обиход осевших на русской службе татарских мурз и простых людей.

Процесс формирования фамилий был длительным, и окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кильдишовых можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако сама модель — тюркское имя плюс русский суффикс — характерна для потомков служилых татар, которые после присоединения Казанского и Астраханского ханств переходили на русскую службу и получали поместья. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, ведут происхождение из Поволжья или южнорусских степей, где контакты славянского и тюркского населения были особенно тесными.