Фамилия Киндий — распространённый пример украинской модели образования от крестильного имени. В основе лежит мужское имя Киндей, которое является сокращённой формой от Акиндин. Оба имени греческого происхождения, но с противоположным значением: Акиндин означает «безопасный», а Киндей — «опасный». Такая смысловая пара не редкость в ономастике: народное сознание легко соединяло созвучные, но противоположные по смыслу варианты, и фамилия могла закрепиться за любым из них.

Суффикс -ий типичен для украинских фамилий, образованных от имён на -ей: он указывает на принадлежность — «сын Киндея». В русской традиции такая фамилия выглядела бы как Киндеев, а украинское окончание сохранило исходное звучание основы.

Существует и альтернативная версия, которую стоит упомянуть, хотя она менее убедительна. Некоторые исследователи выводят фамилию от прозвища, связанного с марийским словом «кинде» — «хлеб». Если следовать этой логике, предок мог быть пекарем или хлеботорговцем. Однако для украинской фамилии марийский корень выглядит чужеродным: марийские заимствования в украинском антропонимиконе практически не встречаются. Вероятнее, что сходство случайно, а основа всё же греческая.

Активное формирование украинских фамилий на -ий приходится на XIV–XVII века. В этот период крестильные имена в быту часто сокращались, и Киндей был одним из таких обиходных вариантов. Окончательно установить, когда и где именно появился род Киндий, можно только по архивным записям конкретной местности — без этого любая датировка остаётся приблизительной.