Фамилия Канишев принадлежит к распространённому в России типу патронимических фамилий с суффиксом -ев. В её основе лежит прозвище или имя Каниш. Суффикс -ев (вместо более частого -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный: Каниш → Канишев, то есть «сын Каниша».

Происхождение самого прозвища Каниш неочевидно и допускает несколько трактовок. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным словом «каниш» или «каныш» — так в южнорусских и украинских говорах могли называть камыш, тростник. Человек, живший у камышовых зарослей или занимавшийся их заготовкой, получал соответствующее прозвище. Подобные «растительные» прозвища (например, Бурьян, Лопух) были обычны для крестьянской среды.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках корень «кан» означает «кровь» или «хан», а суффикс -ыш может образовывать уменьшительные имена. Однако для фамилии Канишев эта этимология выглядит натянутой: более типичные тюркские фамилии (Канышев, Канашев) имеют другую огласовку.

Географически фамилия Канишев встречается не повсеместно. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в центральных областях России (Тульская, Рязанская, Липецкая) и в Поволжье. Это косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой южнорусского наречия, где слово «каныш» бытовало в значении «камыш». В северных регионах фамилия почти не встречается.

Интересно, что однокоренные фамилии (Канышев, Канишевский) могут указывать на разные модели образования. Канишев — более простая, патронимическая, тогда как Канишевский — уже типично польская или украинская фамилия с суффиксом -ский, указывающая на принадлежность к месту (например, селу Канишево). Сама же фамилия Канишев — русская, без шляхетского оттенка.

Сословно предки носителей фамилии относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Это не умаляет её исторической ценности: Канишевы, скорее всего, были людьми, тесно связанными с природой, жившими вблизи рек и озёр, где камыш был привычной частью пейзажа.