Фамилия Канишева — женская форма фамилии Канишев, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое легло в основу. В центре внимания здесь корень «Каниш-», который может восходить к тюркским или арабским источникам, что типично для фамилий, распространённых в Поволжье, на Урале и в южных регионах России, где исторически было сильное влияние татарской и башкирской культуры.

Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского слова «каныш» (или «каниш»), что означает «удовлетворение», «достаток» или «мир». В этом случае прозвище Каниш могли дать человеку спокойному, довольному жизнью, либо же оно выполняло роль пожелательного имени — чтобы ребёнок жил в достатке и согласии. В некоторых диалектах «каниш» также могло быть формой имени Каниф (от арабского «каниф» — «спутник», «друг»), что указывает на возможное происхождение от личного имени.

Морфологически фамилия образована по русской модели: к основе «Каниш» добавился суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Канишев сын, то есть потомок Каниша). Суффикс -ев, а не -ов, появляется после мягких или шипящих согласных, что подтверждает: исходное прозвище или имя оканчивалось на -ш. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком по имени или прозвищу Каниш, и его дети стали Канишевыми.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с украинским или белорусским словом «каниш» (вид плетёной корзины или изделия из лозы). Если предок занимался корзиноплетением или торговлей такими товарами, прозвище могло перейти в фамилию. Однако эта гипотеза слабее, поскольку географически фамилия Канишев чаще встречается в регионах с тюркским населением, чем в западнославянских областях.

В документах фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в Оренбургской, Самарской и Уфимской губерниях, что подтверждает её связь с тюркоязычной средой. Сословно носители могли быть как крестьянами, так и мещанами или казаками — точных данных о дворянском происхождении нет. Женская форма Канишева не несёт дополнительного смыслового оттенка: это стандартное русское окончание, указывающее на принадлежность к роду Канишевых.