Фамилия Карнишева — женская форма мужской фамилии Карнишев. С точки зрения словообразования, модель проста: суффикс -ев, указывающий на принадлежность (чей? — Карнишев), присоединён к основе, которая восходит к прозвищу или имени Карниш.

Корень здесь — неочевидный. В русских говорах «карниш» — не общеупотребительное слово. Правдоподобнее всего, что это вариант имени Корниш, которое, в свою очередь, является народной формой крестильного имени Корнилий (лат. cornu — «рог»). В диалектах имя Корнилий часто редуцировали: Корнил, Корней, а в некоторых областях — Корниш, где суффикс -иш мог придавать уменьшительно-пренебрежительный оттенок. Таким образом, Карниш — это «маленький Корнилий» или просто бытовое прозвище человека по имени Корней.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: «карниш» могло быть прозвищем, данным по внешности или поведению. В некоторых говорах «карной» — смуглый, чернявый, а «карниш» — производное от той же основы. Однако для фамилии такая редкая диалектная цепочка маловероятна: проще и типичнее объяснение через имя.

Географически фамилия Карнишев не относится к массовым. Она встречается в основном в центральных регионах России и в Поволжье — там, где имя Корнилий было распространено в крестьянской среде. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на основу на мягкий согласный (Карниш), что типично для фамилий, образованных от прозвищ на -иш.

Социальный контекст: фамилия скорее крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени или прозвищу главы семьи.

Особенность написания: форма Карнишева (с -е-) — нормативная, так как суффикс -ев после шипящего под ударением не стоит. Вариант Карнишов (с -о-) в русском языке не закрепился, хотя в некоторых документах XIX века мог встречаться как ошибочный.