Фамилия Карнишин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. Вопреки первому впечатлению, её корень лежит не в слове «карниз» и не в имени Карл. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Карнишин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Карниша. А вот что такое Карниша — здесь и начинается главное.

Самая вероятная версия связывает фамилию с крестильным именем Карп. В разговорной речи на Руси имя Карп легко обрастало уменьшительными формами: Карпуша, Карпик, а в некоторых диалектах — Карниша. Суффикс -иша в таком случае выполнял ту же роль, что и в именах Ванюша, Петруша, но с местным фонетическим оттенком. Таким образом, Карнишин — это «внук» или «сын Карниши», то есть Карпа. Фамилия не редкая для регионов, где имя Карп было распространено: Поволжье, центральные области России, а также Украина. Встречаются и однокоренные варианты: Карнишев, Карнишов, Карнаухов (хотя у последнего другое происхождение).

Менее популярная, но тоже возможная версия — связь с прозвищем Карниша от диалектного глагола «карнить» (горбатить, гнуть, клонить вниз). В некоторых говорах так называли сутулого человека или того, кто ходит с опущенной головой. Однако эта гипотеза слабее: глагол редкий, а фамилия на -ин чаще образуется от личных имён и прозвищ на -а/-я, чем от глагольных основ. Поэтому версия с именем Карп остаётся основной.

География фамилии тоже даёт подсказку. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, Карнишины чаще всего встречаются в Саратовской, Самарской, Ульяновской областях и в Татарстане. Это как раз те места, куда в XVII–XVIII веках массово переселялись крестьяне из центральной России, и где имя Карп было в ходу. Никаких дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами. Фамилия не получила широкой известности, но именно это и делает её ценной для семейной истории: она почти не искажалась при переписях и сохранила прямую связь с именем предка.