Фамилия Канишина — женская форма мужской фамилии Канишин, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища или нецерковного имени Каниша. Основа здесь — корень «кан-», который в русских говорах имел несколько значений. Чаще всего так называли человека, связанного с каной — старинной мерой жидкости или сыпучих тел. Прозвище Каниша мог получить торговец, отмерявший товар канами, или же человек, который сам походил на эту меру — например, низкорослый и плотный.

Другая, не менее правдоподобная версия, отсылает к диалектному слову «каниться» — мешкать, тянуть время. В этом случае прозвище Каниша давали медлительному, нерасторопному человеку. В некоторых регионах «каней» называли также скучного, надоедливого собеседника, от глагола «канить» — докучать.

Суффикс «-ин» в фамилии Канишин указывает на принадлежность: «чей?» — Канишин, то есть сын или потомок Каниши. Эта модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на «-ин» распространены шире, чем на юге.

Важно отметить, что фамилия Канишина — редкая. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что может говорить о миграции носителей прозвища из новгородских земель в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Канишин сохранил в основе бытовое прозвище, которое в наши дни без специальных разысканий уже не прочитать напрямую.