Фамилия Карнишина образована от мужского прозвища Карниша, а то, в свою очередь, — от имени или прозвища Карна. Здесь работает типичная восточнославянская модель: основа Карн- плюс уменьшительно-уничижительный суффикс -иш- (как в прозвищах Пучиша, Гришиша), а затем фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Карнишин, то есть сын или потомок Карниши. Женская форма Карнишина — это естественное грамматическое окончание для русских фамилий на -ин.

Ключевой вопрос: что скрывается за основой Карн-? Самый прямой путь — от канонического имени Карп, которое в просторечии сокращали до Карня, Карна. Усечение с добавлением -иша давало прозвище Карниша — возможно, так звали человека маленького роста или с какой-то характерной чертой, которую подмечали в семье. Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к древнерусскому слову «карный» — то есть наказанный, виноватый, или к диалектному «кара» (ссора, брань). Однако в прозвищах чаще фиксируется связь с именем, чем с абстрактным понятием.

Интересная деталь: суффикс -иш- в прозвищах часто придавал оттенок пренебрежения или, наоборот, шутливой ласки. Если Карниша — это «маленький Карп» или «Карп, которого мы слегка подкалываем», то фамилия несёт в себе отпечаток внутрисемейного или деревенского юмора. В XIX веке такие «домашние» прозвища легко закреплялись как фамилии, особенно в крестьянской и мещанской среде центральных и южных губерний России.

Географически фамилия Карнишин (и Карнишина) встречается нечасто, но прослеживается в документах по Воронежской, Тамбовской и Рязанской областям. Это косвенно подтверждает версию о связи с именем Карп: в тех краях имя было популярно. Однокоренные фамилии — Карпов, Карнаухов, Карнышев — тоже оттуда. Таким образом, предок современной носительницы фамилии Карнишина, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, которого в быту звали Карниша, а его дети и внуки уже стали Карнишиными.