Фамилия Карнишов — редкая и неоднозначная. Её основа не лежит на поверхности, и у этимологов нет единого мнения о происхождении. Чаще всего её связывают с двумя источниками: диалектным словом и личным именем.

Первый и самый вероятный вариант — прозвище от глагола «карнать» (в южных и рязанских говорах — резать, кроить, а также рвать, уродовать). Человека, который занимался грубым кроем, например, портного-скорняка, или же того, кто отличался резкостью в движениях, могли прозвать Карныш. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Карныша». В этом ряду стоят однокоренные фамилии Карнаухов, Карнаков, Карнышев, но Карнишов стоит особняком из-за иного суффиксального оформления — здесь сработала модель, при которой к основе «Карн» добавился суффикс -иш, характерный для некоторых прозвищных форм (ср. Голыш, Малыш). То есть Карниш — это не просто «тот, кто карнает», а носитель более конкретного, возможно, уменьшительно-уничижительного прозвища.

Вторая версия — происхождение от крестильного имени Карп (греч. «плод»). В народной речи имя Карп могло трансформироваться в Карниш через промежуточные формы вроде Карня или Карныш. Однако переход «п» в «н» в этом случае не типичен для русской фонетики, поэтому версия с «карнать» выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Воронежской, Ростовской областям, встречается и в Поволжье. В дореволюционных переписях носители Карнишовых чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами, то есть людьми, не принадлежавшими к дворянству. Фамилия не попала в списки столбового дворянства, её носители — потомки ремесленников или крестьян, получивших прозвище за характер работы или внешность.

Словообразовательная модель проста: прозвище Карниш + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Карнишо́в, хотя в устной речи возможны варианты. В отличие от более частых Карнауховых, эта фамилия осталась локальной и малочисленной — её носители не рассеялись широко по стране, а сохранились в тех же регионах, где и возникли.