Фамилия Карнышовы (в документах чаще встречается форма мужского рода — Карнышов) — пример того, как за привычным русским фамильным окончанием может скрываться неожиданное происхождение. Внешне фамилия выглядит типичной для центральной России: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Карныша), а сама основа Карныш звучит как ласкательное или уменьшительное имя. Но корень здесь, скорее всего, не славянский.

Наиболее убедительная версия связывает прозвище Карныш с карачаево-балкарским словом «къарнаш» — «брат». В тюркских языках это слово могло означать не кровное родство, а побратима, товарища или просто обращение к близкому человеку. Прозвище Карныш могли дать русскому человеку, который долго жил среди кавказских народов, имел там друзей или усвоил их обычаи. Не исключено, что фамилия зародилась в казачьих областях или на южных рубежах России, где контакты с тюркским и кавказским населением были постоянными.

Существует и вторая, менее вероятная гипотеза: Карныш — просторечная, «народная» форма крестильного имени Корнелий (от латинского cornu — «рог»). Чередование о/а в корне (Корнилий → Карныш) действительно типично для южных «акающих» говоров, но для имени Корнелий такая трансформация нехарактерна. Обычно оно давало фамилии вроде Корнеев или Корнилов. Версия с тюркским корнем выглядит предпочтительнее — она объясняет и редкость фамилии, и её необычную звуковую форму.

Фамилия Карнышов — редкая, её нет в списках массовых русских фамилий. Это говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник был единственным носителем прозвища в своей округе. В современных справочниках фамилия изредка встречается в Ростовской области и Ставропольском крае, что косвенно подтверждает южный, причерноморский или прикавказский след.