Фамилия Карнышова — женская форма фамилии Карнышов, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое носил предок-мужчина. Основа фамилии — «Карныш», слово, которое в русских говорах имеет два основных значения. В южных и центральных регионах России «карныш» — это небольшая птица из семейства врановых, галка или грач. В переносном смысле так могли назвать человека за сходство с этой птицей: возможно, за чёрные волосы, суетливость или пронзительный голос. Второе, более редкое значение — «карныш» как диалектное название коршуна или хищной птицы, что могло указывать на зоркость или хищный нрав.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Карныша. Такая модель образования типична для русских фамилий XVI–XVIII веков, когда прозвища и мирские имена закреплялись за родом. Интересно, что фамилия Карнышов встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пензенской, Самарской и Оренбургской областях. Это наводит на мысль, что прозвище могло быть связано с местной фауной или диалектом переселенцев из центральной России.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: «Карныш» могло быть вариантом тюркского имени Карныш (от «кар» — снег, «ныш» — знак), но для русской фамилии такое объяснение натянуто — нет устойчивой традиции заимствования подобных имён в крестьянской среде. Скорее всего, предок носителя фамилии был простым человеком, получившим прозвище по птице, и это прозвище со временем стало родовым именем. Фамилия Карнышова не относится к дворянским или княжеским — её носители, судя по архивным данным, были в основном крестьянами и мещанами.