Фамилия Карнышов, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Карныш. В основе лежит карачаево-балкарское слово «къарнаш» — «брат». Этот корень указывает на то, что прозвище могло закрепиться за человеком, который состоял в братских отношениях с кем-то из тюркоязычных соседей, либо за выходцем с Кавказа, где такое обращение было обычным. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов добавляется к основе, отвечая на вопрос «чей?», то есть Карнышов — «сын Карныша».

Существует и альтернативное объяснение. Согласно ему, Карныш — это просторечная форма крестильного имени Корнелий (от латинского «cornu» — «рог»). Чередование гласных о/а в корне (Корнелий — Карныш) объясняется влиянием южных «акающих» говоров, где безударное «о» произносится как «а». Однако эта версия менее убедительна: имя Корнелий в русской среде было редким, а прозвищная модель с тюркским корнем встречается чаще и имеет прямую смысловую нагрузку.

Фамилия Карнышов — редкая. Она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, а её носители, скорее всего, были крестьянами или казаками, особенно в южных регионах России, где контакт с тюркскими языками был повседневным. Обратите внимание на однокоренные фамилии: Карнаухов (от «карнаух» — короткоухий), Карнышев (с другим суффиксом). Сравнение показывает, что основа «карн-» в русских фамилиях чаще связана с внешностью или прозвищами, чем с именем Корнелий, что косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении.