Фамилия Карнышов, по одной из версий, образована от прозвища Карныш. Оно ведет свое начало от карачаево-балкарского слова «къарнаш», которое переводится на русский язык как «брат». Согласно другой гипотезе, Карныш – это просторечная форма крестильного имени Корнелий (в переводе с латинского – «рог»). Чередование гласных о/а, вероятно, объясняется влиянием южных «акающих» говоров.