Фамилия Канишевская — женская форма фамилии Канишевский, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил родоначальник. В основе фамилии лежит несколько возможных корней, и наиболее убедительная версия указывает на казачью кулинарную традицию. У казаков «каныш» называли сладкий пирог с творогом или арбузным мёдом. Скорее всего, Канишем прозвали лакомку или сладкоежку — человека, который любил полакомиться таким пирогом.

По другой версии, фамилия образована от прозвища Каня. В некоторых говорах «каня» — это хищная птица, лунь. Такое прозвище могли дать человеку смелому, бесстрашному, а иногда и коварному. Впрочем, у слова «каня» было и другое, менее героическое значение: так называли навязчивого посетителя или попрошайку. Если следовать этой гипотезе, фамилия могла отражать не характер, а поведение предка.

Третья версия связывает фамилию с именем Каня — краткой формой таких мужских имён, как Кандид, Никандр или Никанор. У каждого из этих имён своё значение. Кандид восходит к латинскому candidus — «ослепительно белый», «чистый», «искренний». Имя Никандр имеет византийские корни и состоит из частей, означающих «победа» и «мужчина». Никанор переводится с греческого как «увидевший победу». Однако эта версия менее вероятна, поскольку краткая форма Каня в русской традиции встречалась редко и чаще ассоциировалась именно с прозвищем, а не с крестильным именем.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -евск- с окончанием -ая — указывает на то, что фамилия сформировалась по типу польских или западнорусских дворянских фамилий. В восточнославянской традиции фамилии на -ский/-цкий первоначально носили представители шляхты и духовенства, но со временем они распространились и среди других сословий. Скорее всего, основатель рода Канишевских был человеком из простого сословия, а фамилию получил уже позже, по месту жительства или по прозвищу отца. Таким образом, потомок человека по прозвищу Каниш или Каня со временем стал Канишевским, а его дети и внуки унаследовали эту фамилию как родовое имя.