Фамилия Карнишаускас уверенно указывает на литовское происхождение — об этом говорит типичный суффикс -аускас (литов. -auskas). Это одна из самых распространённых патронимических моделей в Литве, особенно на востоке и юго-востоке страны, в исторической Жемайтии и Аукштайтии. Суффикс -auskas в литовском языке соответствует славянскому -овский/-евский и означает принадлежность: буквально «сын такого-то» или «из рода такого-то». Таким образом, Карнишаускас — это «сын Карниса» или «из рода Карнисов».

Основа фамилии — Карнис (лит. Karnis). Это древнее литовское личное имя или прозвище, которое могло иметь несколько значений. Наиболее вероятная версия: «karnis» в литовском языке означает «гриф» или «коршун» (хищная птица). Прозвища по птицам были широко распространены у балтов — они могли указывать на внешность (острый нос, зоркий взгляд), характер (хищный, цепкий) или род занятий (сокольничий, птицелов). Менее вероятно, но возможно, что Karnis — это вариант имени Карнас (Karnas), которое в свою очередь могло быть сокращением от полных двухосновных имён вроде Карнибут или Карнивид.

В русском контексте фамилия Карнишаускас — результат полонизации или русификации литовской формы. В самой Литве встречаются варианты Karnišauskas (с долгим «и» и шипящим), что указывает на диалектное произношение. После присоединения литовских земель к Российской империи многие фамилии на -auskas записывались через русскую графику, сохранив литовскую модель словообразования, но адаптировав её к кириллице. Поэтому носители фамилии с корнями в современной Литве или в западной Беларуси (где исторически жили литвины) — потомки крестьян или мелкой шляхты, чьё прозвище пошло от предка по имени или прозвищу Карнис.

Стоит учесть, что в русском языке фамилия склоняется по правилам для литовских фамилий на -ас: Карнишаускаса, Карнишаускасу и т.д. Она не женская, а мужская; у женщин в Литве была бы форма Карнишаускене (замужняя) или Карнишаускайте (незамужняя).