Фамилия Какишева образована от мужского имени или прозвища Какиш. Скорее всего, это вариант тюркского имени Какыш (или Какыс), которое в переводе с казахского, башкирского или татарского языка означает «твердый», «крепкий», «упругий». Такое имя могли дать ребенку с пожеланием физической силы и выносливости. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «какиш» — это «засохшая грязь», «корка», что могло стать основой для прозвища неопрятного или упрямого человека, но эта гипотеза менее распространена.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Какишев — сын Какиша. Женская форма Какишева — это фамилия по мужу или отцу, закрепленная в документах. По модели образования фамилия типична для русских регионов, где исторически жили тюркские народы: Поволжье, Урал, Оренбуржье. Среди носителей фамилии много русских, татар, башкир и казахов, что говорит о давних межэтнических контактах.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как Какишевъ, а в устной речи иногда путали с Какашев или Кокишев, но корень у них разный. Встречается и вариант Какишов, где суффикс -ов пришел из других диалектов. Сейчас фамилия редкая, встречается в основном в Челябинской, Оренбургской областях и в Казахстане.