Фамилия Какишев — редкая и интересная с точки зрения происхождения. В её основе лежит не очевидное славянское имя, а скорее всего, тюркское прозвище или имя. На это указывает характерный суффикс -ев, который в русских фамилиях часто присоединялся к иноязычным основам, и сама структура корня.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «каки» (или «какы»), которое в разных диалектах означает «сухой», «жесткий», «черствый». В переносном смысле так могли назвать сурового, непреклонного или даже скупого человека. Прозвище Кака/Каки могло закрепиться за человеком с жестким характером или за тем, кто жил в засушливой местности. В казахском языке, например, есть слово «қақы» — «право», «доля», что тоже могло лечь в основу прозвища для того, кто строго блюл свои интересы.

Менее распространённая, но возможная версия — от татарского мужского имени Какиш, которое является уменьшительной формой от имени Кабир (могучий, великий) или Камиль (совершенный). В таком случае фамилия буквально означает «сын Какиша» и указывает на происхождение от конкретного предка.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием: её можно встретить в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди казахов. В русском контексте она могла появиться у крещёных татар или башкир, перешедших в православие и получивших фамилию по отцу. Суффикс -ев, а не -ин, тоже косвенно указывает на то, что основа была заимствована, а не образована от славянского корня.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что подтверждает её нерусское происхождение. Встречаются варианты Какишев и Какишов — последний ближе к тюркскому произношению. Социально носители фамилии могли быть и крестьянами, и служилыми людьми из татарских мурз, но точных данных о сословной принадлежности без генеалогического исследования конкретной семьи нет.