Фамилия Кикишев — редкий случай, когда ядро фамилии, скорее всего, не русское, а тюркское, но суффикс выдает обрусение в среде крестьян или служилых людей. Основа «Кикиш» восходит к тюркскому личному имени или прозвищу. В тюркских языках «кикиш» может означать «упрямый», «несговорчивый» или «тот, кто грызет» (от глагола «кикимек» — грызть, кусать). Скорее всего, так прозвали человека с тяжелым, неуступчивым характером — либо в переносном смысле, как «грызущего» начальство или соседей.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Это значит, что предка звали Кикиш, а его сын или внук стал Кикишевым. Встречается написание через «о» (Кикишов), но вариант с «е» исторически правильнее: после шипящих и мягких согласных в суффиксе писали «е» под ударением, а «о» — факультативный вариант, возникший в документах XIX века.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения. В частности, Кикишевы встречаются в старых списках казачьих станиц Оренбургской и Уральской областей. Там тюркские прозвища были обычным делом: казаки нередко получали уличные клички от соседей-кочевников, а потом закрепляли их как фамилии.

Отдельного внимания заслуживает сравнение с однокоренными фамилиями. Кикишев — не единственная фамилия на «кик-» в русском ономастиконе. Есть Кикин (от древнерусского «кика» — хохол, чуб или женский головной убор), Киктенко (украинская форма) и Кикишов. Но в отличие от них, Кикишев четко указывает на тюркский источник, а не на славянское нарицательное слово. Если бы основа была славянской, мы бы ждали суффикса -ин или -ов с твердым окончанием (Кикин, Киков), а не -ев после шипящего.

Сословно большинство Кикишевых — бывшие государственные крестьяне или однодворцы (южнорусская прослойка, близкая к мелкопоместным дворянам). Дворянских родов с этой фамилией в гербовниках не зафиксировано, что косвенно подтверждает народное, неслужилое происхождение.